介绍：由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。 之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。 随后，幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿；而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，便在后跟踪。一场惊险的行动就此展开....

介绍：在很久很久以前，還沒有精靈球的時代，有一場神奇寶貝大戰。勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐，為了阻止大戰，藉著波導的力量努力讓戰爭平息，人們也因此稱亞朗為「波導的勇者」。 百年之後，小智和皮卡丘一行人來到歐魯德朗城，參加為了讚頌勇者亞朗而舉行的寶可夢對戰和慶典。小智在對戰中贏得了勝利，被封上「波導的勇者」的稱號，並獲得在祭典時拿著「勇者之杖」化身勇者的權利。 就在舉行盛大的慶典之時，被封印在「勇者之杖」中的神奇寶貝路卡利歐竟然在小智的眼前甦醒，並說出百年前亞朗棄城潛逃的秘密！？ 另一方面，奇幻的神奇寶貝「夢幻」突然現身，並且帶走皮卡丘和喵喵。小智為了尋找皮卡丘，在路卡利歐的帶路下，向「世界初始之樹」前進。在神祕的「世界初始之樹」下究竟隱藏著什麼謎團？皮卡丘被夢幻帶到哪裡去了？傳說中的勇者亞朗和路卡利歐「波導傳說」的秘密到底是什麼？

介绍：立志成为神奇宝贝大师的小智一行人依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写著：‘你们是最被看好、最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。’“最强的宝可梦训练家？”好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。 一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇宝贝渡海，而另外两位训练家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇宝贝渡海。正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了真面目。什么？竟然是火箭队那三个捣蛋鬼！！正当火箭队要说出那套可爱又迷人的台词之时，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉，才不至于被大浪卷走。 在到达新岛之后，一名很像宝可梦中心护士乔伊的女子带领小智一行人前往神奇宝贝城……

介绍：南海小岛上有个传说，火之神、冰之神、雷之神被人类触怒之时，就是世界毁灭的日子。 疯狂的收藏家吉尔露太为了引出传说中的海之神洛奇亚，捕捉了亚西亚岛的火焰鸟，导致世界各地开始出现天灾地变的异象。这时正好小智一行人来到亚西亚岛，并在当地庆典活动中被推举扮演传说中的控制者。控制者必须到神鸟的三座岛屿中取得三种宝藏，在取宝藏的过程中，小智目赌神鸟被吉尔露太抓走。 疯狂收藏家吉尔露太为了个人私欲不顾世界的存亡固然令人气愤，可是当神鸟被小智释放后，竟不顾一切的展开疯狂攻击。眼看著世界末日的预言真的要实现…

介绍：“破格的世界”…是在这个世界的另一个次元，如镜子般事物皆呈反向的不可思议的世界，同时也是骑拉帝纳栖息的空间。由于帝牙卢卡与帕路奇犽的一场时空之战，让反转世界因此受到影响，为此愤怒的骑拉帝纳开始寻找罪魁祸首的帝牙卢卡，并打算将他拉入反转世界里。 某天，属性为“感谢”的神奇宝贝“洁咪”，突然出现在旅行途中的小智一行人面前。后来，小智一行人与洁咪，准备一起前往葛拉西蒂亚花田，但是在那里等着他们的是对洁咪虎视眈眈的骑拉帝纳、以及操纵著尖端科技的巨型母舰的神秘青年杰洛…。 隐藏在葛拉西蒂亚花中的秘密到底是？被称为神的神奇宝贝们的对战结果又会是！？洁咪的真正的力量又是！？小智一行人是否能阻止杰洛的阴谋，拯救这个世界呢！？最后的高潮，将会是超乎你所想像的“美丽奇迹”！