介绍：故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是有一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，导致猛烈撞击后引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。 而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子并在坠落山谷后起火燃烧，设计师即场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外，绝对预料不到，但是居然是一场天大阴谋的序幕。 幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”，作为展开阴谋的地点。恰巧柯南、小兰、小五郎等人，参加这艘邮轮的处女航行仪式，小兰更因而深陷险境，情节惊险万分。

介绍：朝仓都知事收到一封神秘的恐吓信，内容为：“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚！”。隔天，由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁。虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是，夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案，并带来更大的灾害，调查朝仓都知事历年事政的柯南，察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的水坝建设案中，怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中，因此决定进行深度搜查。 因为水库的建造，沉入湖底的新泻县北泽村村民迁移到邻近土地已有5年了，在这5周年纪念的日子里聚集了许多人前来参加。可能如推测，犯人就在那人群之中吗？柯南展开事件调查的同时，巧遇5位在8年前就是儿时玩伴的男女相聚在此地。 纠缠他们的黑暗阴影、忌妒、愤恨，以8年前交通死亡事故为契机，一直到水坝建设后的今。然而就在和交通事故发生的同一天，8年前行经悬崖而坠落失去意识的少年冬马醒了过来，对于交通事故发生当日的记忆，有一点一滴逐渐唤醒的冬马有着迫切的危机。果然，在那群儿时玩伴中又有一人遇害，尸体被寻获了，这黑暗阴影也一步步的逼近少年侦探团。

介绍：以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。 柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，怎么可能？！”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。 于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队“海豹突击队（Navy Seals）”的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步！与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来……

介绍：由“黑色”裁决“黑色”—— 德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！ 目标的共同点是？组织的目的是？ 不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。 宿命的相遇，突然—— 东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。

介绍：曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。铃木次郎吉以3亿美元的史上最高金额得到了这幅名画，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大规模展会在以拥有铁壁般的安全系统著称的日本美术馆雷克洛克举办，这一梦幻般的新闻发布至全世界，柯南和兰也关注了新闻转播。次郎吉打算召集通称为“七武士”的专家来保护《向日葵》，但此时怪盗基德突然现身，在发出宣战布告声称自己必定要夺取这幅名画之后便离去。本应该只以巨大宝石为目标的基德为何要夺取这幅画？在下一个瞬间，高中生侦探工藤新一的身影在骚动的会场中现身了，他自称是由于听说了基德的传闻才前来的。而在数日之后，搭载着《向日葵》的客机飞行在前往日本的高空中时，再次遭到白色影子的袭击……围绕着独一无二的至宝，谎言与真实纷繁交错的艺术之谜开幕。