全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年—— 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD）， 千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。 他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。 火、铁、电气、玻璃、手机…… 千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。 但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。 以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展—— STONE WARS，就此开战！